Kauno berniukų chorinio dainavimo mokykla "Varpelis" 1989 m. spalio 1 d. įsteigta Kauno miesto liaudies deputatų tarybos Vykdomojo komiteto 1989 m. rugsėjo 20 d. sprendimu Nr. 353. 1990 m. Kunigas Ričardas Mikutavičius palaimino kolektyvą ir pašventino parengtas ugdymui mokyklos patalpas D. Poškos g. 4. 1998 m. kovo 16 d. Kauno miesto tarybos Kultūros ir švietimo komiteto protokoliniu nutarimu Nr. 30 nutarta Švietimo ir ugdymo skyriui perimti iš Kultūros Rūmų berniukų ir jaunuolių choro "Varpelis" juridinę priklausomybę bei steigėjo teises ir finansavimą.
