Studijavo trimito, dirigavimo, edukologijos specialybes Lietuvos valstybinėje konservatorijoje (dabartinėje Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje) Eduardo Kuskino ir Romo Balčiūno klasėse. Nuo 1986 m. dirba su vaikų ir jaunimo orkestru “Jovaras”. Nuo 1993 m. Lietuvos valstybinio pučiamųjų instrumentų orkestro “Trimitas” solistas – koncertmeisteris ir dirigento asistentas. Nuo 2009 m. – kolektyvo vyriausiasis dirigentas.
2006 m. dirigavo “Trimitui” tarptautiniame pučiamųjų orkestrų festivalyje Giulianovoje (Italija), kur kolektyvas tapo laureatu. Nuo 2008 m. nuolatinis Vokietijos tarptautinio festivalio “Musikparade” dalyvis. 2010 m. pasaulio orkestrų festivalio “Berlin Tattoo” Vokietijoje vyriausiasis dirigentas. 2010 m. “Trimitas” (vyr. dir. U. Vaiginis) laimėjo Grand prix Lenkijoje vykusiame tarptautiniame F. Šopeno muzikos festivalyje. 2011 m. sėkmingi pasirodymai Norvegijos tarptautiniame orkestrų festivalyje. Nuo 2010 m. tarptautinio VPIO “Trimitas” festivalio “Skambėkite trimitai” iniciatorius, koordinatorius ir dalyvis.
Su „Trimitu“ parengė originalias klasikinės, šiuolaikinės, sakralinės, džiazo ir populiarios muzikos programas su James Morrison (Australija), Steven Mead (Didžioji Britanija), Sergei Nakariakov (Prancūzija), Johnatan Warburton (Didžioji Britanija). Bendradarbiavo su kompozitoriais bei dirigentais Jacob de Haan (Nyderlandai), Jan van der Heide (Nyderlandai), John Linch (JAV), Bert Langeler (Nyderlandai), Janis Purins (Latvija), Thomas C. Duffy (JAV), Večeslav Michnovič (Baltarusija), Jorgen Jansen (Danija).
Parengė bendrus projektus su ryškiausiais Lietuvos atlikėjais: Virgilijum Noreika, Vytautu Juozapaičiu, Algirdu Budriu, Asta Krikščiūnaite, Eduardu Kaniava, Rasa Juzukonyte, Judita Leitaite, Edmundu Seilium, Merūnu Vitulskiu, Vaidu Vyšniausku, Marium Balčyčiu ir kt. Bendradarbiavo su kompozitoriais: Algimantu Raudonikiu, Teisučiu Makačinu, Mikalojum Noviku, Rimantu Giedraičiu, Zita Bružaite, Antanu Kučinsku, Loreta Narvilaite, Linu Rimša ir kt. 2009 m., diriguojant Ugniui Vaiginiui, „Trimitas“ įrašė šiuolaikinių lietuvių kompozitorių kūrinių kompaktinę plokštelę. 2013 m. diriguojant Ugniui Vaiginiui, „Trimitas“ lydimas garsiausių šalies atlikėjų įrašė kompozitoriaus Algimanto Raudonikio gražiausių dainų kompaktinę plokštelę “Kur aukštas klevas”.
Aktyviai dalyvauja tarptautiniuose seminaruose, meistriškumo kursuose Lietuvoje, Estijoje, Olandijoje, Vokietijoje, Šveicarijoje, Austrijoje ir kt. Yra Lietuvos muzikų sąjungos, World Association for Symphonic Bands and Ensembles asociacijos ir Lietuvos muzikų sąjungos narys.
Ugnius Vaiginis nuolatos inicijuoja ir rengia edukacinius koncertus, kūrybines stovyklas ir laboratorijas kūrybingiems Lietuvos vaikams ir jaunimui.