Eglė Kaunietytė smuiku pradėjo groti ankstyvoje vaikystėje. Muzikinius pagrindus ji įgijo Kauno J.Naujalio muzikos gimnazijoje, smuiko mokytojos Laimos Lapėnaitės klasėje, o vėliau mokslus tęsė Nacionalinėje M. K. Čiurlionio menų mokykloje, kur studijavo Ugnės Jauniškytės, Dainiaus Puodžiuko ir Ingridos Armonaitės smuiko klasėse. Mokydamasi aktyviai dalyvavo mokyklos renginiuose bei koncertuose – pasirodydavo kaip solistė, orkestruose ir kamerinės muzikos ansambliuose.
M. K. Čiurlionio menų mokykloje ji taip pat griežė antruoju smuiku mokyklos styginių kvartete (mokytoja Audronė Vainiūnaitė). Su šiuo kolektyvu dalyvavo įvairiuose festivaliuose bei meistriškumo kursuose, o mokyklą atstovavo tarptautiniu mastu – koncertavo Briuselio parlamente ir prestižinėje „Wigmore Hall“ koncertų salėje Londone.
Pradėjusi bakalauro studijas Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, Eglė jas nusprendė tęsti ir sėkmingai baigė Mastrichto konservatorijoje (Nyderlandai). Studijų metais ji aktyviai dalyvavo kamerinės ir orkestrinės muzikos festivaliuose bei meistriškumo kursuose. Tuo laikotarpiu tapo styginių kvarteto „Eurasia“ nare, su kuriuo iki šiol koncertuoja įvairiose Europos šalyse – Nyderlanduose, Belgijoje, Vokietijoje, Prancūzijoje ir Maltoje.
Atlikėjos veikla neapsiriboja vien klasikine muzika. Ji yra dalyvavusi įvairiuose populiariosios muzikos projektuose ir turuose: 2024 m. su kvartetu „Magic Strings“ surengė 70 koncertų Nyderlanduose ir Vokietijoje, bendradarbiaudama su garsiąja roko atlikėja Anneke van Giersbergen. Šis kolektyvas taip pat įrašė daugybę garso takelių populiariosios muzikos albumams.
Šiuo metu Eglė Kaunietytė aktyviai tobulina savo meninę patirtį įvairiuose orkestruose ir ansambliuose. Ji nuolat kviečiama bendradarbiauti tiek su naujai susiformavusiais, tiek su ilgametes tradicijas bei aukštą reputaciją turinčiais kolektyvais.